Après une journée de mercredi terriblement difficile avec l'annonce du décès d'un motard français en début de journée puis une étape éprouvante pour les corps et les machines, le Dakar-2009 repart jeudi pour la 6e étape entre San Rafael et Mendoza, dernière étape avant l'entrée au Chili. La 5e étape reliant Neuquen à San Rafael (ouest) a été neutralisée mercredi à 20h45 (23h45 GMT) en raison d'un fort orage qui tombait sur les dunes où se sont perdu de nombreux concurrents et qui se dirigeait vers la ville d'arrivée. Les concurrents encore sur la piste ont dû être regroupés pour rejoindre San Rafael en convoi. Soucieux de la sécurité des concurrents, dont la plupart sont arrivés tard au bivouac après la terrible étape de mercredi, les organisateurs ont décidé de reculer le départ d'une heure et de la raccourcir. Au lieu de 395 km de spéciale, ils ont préféré arrêter le parcours chronométré au km 201 pour effectuer le reste de l'étape en liaison pour un total de 625 km. Ainsi, après une liaison matinale de 76 km, les concurrents se frotteront d'entrée de spéciale à une longue série de dunes. Un cordon d'une soixantaine de kilomètres qui rappellera l'Afrique. Ensuite, le parcours deviendra plus roulant, et donc propice aux pièges liés aux excès de confiance. Une fois arrivés à bon port, les concurrents se retrouveront au paradis de l'alpinisme et du "Malbec", le fameux vin rouge local ! Mendoza, agglomération de près d'un million d'habitants, est au coeur de la région viticole et située sur les contre-forts des massifs andins.